Theo đó, Ban chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo, kiểm tra, điều hòa phối hợp và đôn đốc các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các nhiệm vụ về đầu tư xây dựng Dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc Bắc - Nam phía Đông và Dự án Cảng hàng không quốc tế Long Thành theo đúng các Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ đối với các dự án.
Bên cạnh đó, xem xét, chỉ đạo xây dựng cơ chế chính sách để đẩy nhanh tiến độ các dự án trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định; chỉ đạo việc triển khai thực hiện các dự án theo quy định, báo cáo Thủ tướng Chính phủ. Đồng thời, chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương liên quan thực hiện các công việc của các dự án.
Ban chỉ đạo của Dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc Bắc - Nam phía Đông do Phó Thủ tướng Lê Văn Thành làm Trưởng ban. Phó Trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể và Bộ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Thanh Nghị.
Với Dự án Cảng hàng không quốc tế Long Thành, Phó Thủ tướng Lê Văn Thành làm Trưởng ban. Phó Trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Văn Thể, Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp Nguyễn Hoàng Anh, Bộ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Thanh Nghị.
Bộ GTVT là cơ quan thường trực Ban chỉ đạo; sử dụng bộ máy của mình để thực hiện nhiệm vụ giúp việc Ban chỉ đạo.
Trưởng ban khi ký các văn bản chỉ đạo được sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ; Phó trưởng ban và các ủy viên khi ký các văn bản thực hiện nhiệm vụ Ban chỉ đạo được sử dụng con dấu của bộ, ngành, địa phương đó.
